通过一定的条件获得含有目的片段的菌株，去除或减少不含有目的片段的菌株。具体操作为，取转化至感受态细胞中的菌液，涂布于有筛选条件的平板，放置在37℃培养箱中过夜培养，生长的菌落称为转化子。最常用的筛选技术是蓝白斑筛选法和阳性克隆筛选法。
蓝白斑筛选
阳性克隆筛选
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